怀孕40天，是可以选择药物流产的。

药物流产主要是针对于早期怀孕，一般是针对于怀孕7周以内的宫内妊娠，而且流产之前一定要进行相关的检查，确认没有其他的疾病，且没有药物使用禁忌的情况下，才能够选择药物流产。目前临床上比较常用的药物流产的药物是米非司酮和米索前列醇。前三天主要是口服米非司酮起到软化宫颈的作用，第四天口服米索前列醇，使子宫收缩从而将孕囊排出宫腔。但是药物流产也存在一定的风险性，容易引起大出血或者药物流产不全的情况。所以流产后一周建议复查彩超，观察宫腔内是否有残留物以及子宫的恢复情况。

建议在医生的指导下进行药物流产，不要自行用药。流产后也要注意休息，避免劳累和剧烈运动，一个月内禁止性生活和盆浴。如有任何不适，建议及时就医。流产后药物应在医生指导下服用，不可自行用药。具体请在医生的指导下规范、合理用药。若有任何疑问，请及时咨询医生或专业人士的建议。